除了META分析,还可以怎样不做实验就发
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作者:LuckyKing
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最近流行大数据,分析分析就能发paper。不做实验就能发文章,这么好的事儿,朕不能错过。研习一篇,各位小主儿也雨露均沾下。
肺鳞状细胞癌中异常表达的lncRNA的临床作用:基于RNA测序和微阵列数据挖掘的研究,回复可下载文献,一月有效。
1TCGA数据库中异常表达的肺鳞状细胞癌(LUSC)lncRNA通过R语言计算每个LncRNA的表达水平。根据计算标准,在LUSC中获得了个异常表达的lncRNA,包括个高表达和个低表达(Fig.1A)。
异常表达的lncRNA进行ROC分析,列出了在ROC曲线下面积(AUC)超过0.95的前75个lncRNAs,这些lncRNA可能在LUSC的发生中起重要作用,具有LUSC高诊断价值(表1,未列全)。
AUC:AreaUnderCurve被定义为ROC曲线下的面积,面积值在1.0和0.5之间。ROC曲线下的在AUC0.5的情况下,AUC越接近于1,说明诊断效果越好。AUC在0.5~0.7时有较低准确性,AUC在0.7~0.9时有一定准确性,AUC在0.9以上时有较高准确性。
2LUSC中十种异常表达的lncRNA的临床价值选择前10名异常表达的lncRNA(表2)进一步分析,包括表面活性剂相关1(SFTA1P)、LINC、LINC、LINC、RP1-78O14.1,相邻的非编码发育调节RNA(FENDRR)、LINC、LINC、GATA6-AS1和MIRHG。
LUSC中LINC的水平明显高于相对应肿瘤组织。相反,其他9个lncRNA在LUSC组织中均明显下调(Fig.2)。
这10个异常表达的lncRNA显示出具有高诊断价值,将LUSC与非癌性肺组织区分,AUC均大于0.99(Fig.3)。
生存分析显示,SFTA1P、LINC、GATA6-AS1、MIRHG与LUSC的存活时间显著相关(Fig.4)。
多变量cox分析显示,SFTA1P可能是LUSC的独立预后指标(补充表1)。当
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